公司在申報營利事業所得稅時，不同的申報方式對於課稅所得額的計算、被稅局調帳的機率、盈虧互抵的權利等，都有差異。營利事業所得稅結算申報，主要有以下三種申報方式：擴大書面審核申報、。
第一種：擴大書面審核申報
企業採用擴大書審的原因，通常是並未獲利，或希望節省處理帳務的繁雜程序及成本。
公司採「擴大書審」申報，課稅所得額計算公式為：
課稅所得額＝（全年營業收入淨額＋全年非營業收入）× 擴大書審純益率
擴大書審純益率標準可參考稅局公布的資料，每年都會更新
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擴大書面審核申報 |
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| 適用條件 | 1. （全年營業收入淨額＋非營業收入）≦3,000萬
2. 帳冊報表齊全，自行依法調整之純益率在「擴大書審純益率」以上 3. 於申報期限截止前繳清應納稅款 |
| 優點 | 若無重大異常，被稅局調帳查核的機會較小（約10％左右） |
| 缺點 | 1. 收入金額大者，納稅金額較高。
2. 若遇國稅局抽查帳簿證，可能因帳簿記錄不全、憑證不足、或記載不符規定而核定補繳稅款，金額反而較依法結算申報應繳納之稅額高出很多。 |
第二種：查帳申報
正常情況下，公司應採「查帳申報」，核實課稅。依商業會計法等相關法令據實記載公司的收入、各項成本、費用及損失等，在辦理營利事業所得稅結算申報時，其帳載事項再依所得稅法等法令自行調整後，計算課稅所得額。
公式：【課稅所得額＝營業收入淨額－營業成本－營業費用＋非營業收入－非營業支出】
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查帳申報 |
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| 適用條件 | 1.（全年營業收入淨額＋非營業收入）≧3,000萬
2. 平時記載帳冊憑證先自行計算所得及繳交稅款後，接受國稅局調帳查核決定調整增補稅款 |
| 優點 | 核實課說，虧損就不用繳稅。 |
| 缺點 | 公司須將帳證準備齊全，以供稅捐稽徵機關調查，如果會計人員不熟悉稅法，可能因疏忽導致補稅送罰的後果。 |
第三種：會計師稅務簽證申報
全年度營業收入與非營業收入達一億元以上的公司辦理營所稅結算申報，必須委託會計師查核簽證。除法令強制要求之外，公司選擇會計師稅務簽證申報通常有以下幾項原因：
- 合法節稅規劃：一般公司對於稅務法規及租稅優惠不見得熟悉，藉由稅務簽證的機會，可請會計師規劃與指導合法節稅的管道。
- 盈虧互抵：採會計師稅務簽證申報，本年度的虧損可於未來10年內扣抵，即降低未來的所得稅負。
- 交際費限額提高：稅法對於企業列報交際費設有限額；採會計師稅務簽證申報時，交際費限額提高，可合法節稅，降低所得稅負。
- 降低被查稅的風險：會計師必須出具查核簽證報告書，國稅局對會計師查核簽證報告書進行書面審核，公司被國稅局直接調帳查核機率較低，可降低被查稅的風險。
- 降低查稅溝通成本：若被稅局選中查核時，稅局會先找會計師調閱查核工作底稿，公司需直接面對稅局及提示帳證資料的機會較少，可減輕公司財會人員直接面對稅局的壓力。
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會計師稅務簽證申報 |
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| 適用條件 | 1. 有較詳細成本記錄，收支正確。
2. 憑證可供稅局查找核對。 3. 必須委託會計師簽證做成簽證報告書及備有查核記錄。 4. 公司內部訂有監控商品含材料(進銷存)及人事等管理制度。並依上列所述之規定，於報表”帳列數”做適當之調整得知”申報數”後出具報告，並填具結算申報書申報。 |
| 優點 | 1. 合法節稅規劃
2. 盈虧互抵 3. 交際費限額提高 4. 降低被查稅的風險 5. 降低查稅溝通成本 |
| 缺點 | 需額外負擔會計師簽證費用 |
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